蛋白质亚基不是肽链也不是蛋白质。蛋白质亚基是组成蛋白质四级结构的一部分。 蛋白质或酶的生物学活性一般需要完整的结构形成一段功能区域 ，而一段亚基可能无法构成完整的功能区域 ，故单独的亚基可能无法具有生物学活性。蛋白质的第四级结构是由蛋白质亚基的立体排布和亚基之间次级键的连接组成的空间结构。
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